มหาวิทยาลัยในทศวรรษที่หก (พ.ศ. ๒๕๓๖ – ๒๕๔๕)
	การดำเนินงานด้านการเรียนการสอน มีการเปิดสอนหลักสูตรทั้งระดับปริญญาตรี โท และเอก ในสาขาวิชาต่างๆ อย่างต่อเนื่องมาโดยตลอด ถึงแม้ในช่วงแรกของทศวรรษที่หกจะมีการจัดตั้งหน่วยงานตามประกาศราชกิจจานุเบกษาเพียงคณะศิลปศาสตร์และวิทยาศาสตร์ กองวิเทศสัมพันธ์ สถาบันค้นคว้าและพัฒนาผลิตผลทางการเกษตรและอุตสาหกรรมเกษตรเท่านั้น ซึ่งในระยะเวลาต่อมาประเทศเกิดสภาวะวิกฤตเศรษฐกิจ ทำให้คณะรัฐมนตรีมีมติเมื่อวันที่ ๓๐ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๔๐ ให้ระงับ ชะลอการจัดตั้งหรือขยายหน่วยงานใหม่ของมหาวิทยาลัย เพื่อลดภาระค่าใช้จ่ายของรัฐ แต่ก็สามารถจัดตั้งหน่วยงานภายในหรือหน่วยงานอิสระในกำกับได้ภายใต้ขอบเขตอำนาจหน้าที่ตามพระราชบัญญัติของมหาวิทยาลัยและสภามหาวิทยาลัย และจากมติคณะรัฐมนตรีดังกล่าว ทำให้การจัดตั้งหน่วยงานต่างๆ ค่อนข้างชะลอตัว อย่างไรก็ตามมหาวิทยาลัยก็ได้ดำเนินการจัดตั้งหน่วยงานภายในขึ้นโดยได้รับความเห็นชอบจากสภามหาวิทยาลัย ได้แก่ สถาบันอินทรีจันทรสถิตย์เพื่อการค้นคว้าและพัฒนาพืชศาสตร์ สถาบันสุวรรณวาจกกสิกิจเพื่อการค้นคว้าและพัฒนาปศุสัตว์และผลิตภัณฑ์สัตว์ และสถาบันค้นคว้าและพัฒนาระบบเกษตรในเขตวิกฤต สำหรับด้านการเรียนการสอน มหาวิทยาลัยมีนโยบายมุ่งเน้นการขยายโอกาสทางการศึกษาไปสู่ภูมิภาค ซึ่งมหาวิทยาลัยได้มีการจัดตั้งวิทยาเขตเพิ่มขึ้น คือ วิทยาเขตศรีราชา เพื่อรองรับการพัฒนาบริเวณชายฝั่งภาคตะวันออก ขณะเดียวกันคณะรัฐมนตรีมีมติเมื่อวันที่ ๘ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ ให้ความเห็นชอบโครงการขยายวิทยาเขตสารสนเทศของมหาวิทยาลัยไปในส่วนภูมิภาค และอนุมัติให้ดำเนินการต่อไปได้ ทำให้ระยะเวลาต่อมามหาวิทยาลัยมีการจัดตั้งวิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสกลนคร โครงการจัดตั้งวิทยาเขตกระบี่ โครงการจัดตั้งวิทยาเขตลพบุรี และโครงการจัดตั้งวิทยาเขตสุพรรณบุรี โดยตลอดระยะเวลาหกทศวรรษที่ผ่านมานี้มีหน่วยงานที่อยู่ภายใต้สังกัดของมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ที่มีสถานภาพเทียบเท่าคณะ รวม ๔๙ หน่วยงาน ซึ่งเป็นหน่วยงานที่จัดตั้งตามประกาศราชกิจจานุเบกษา ๒๒ หน่วยงาน และหน่วยงานที่อนุมัติโดยสภามหาวิทยาลัยจัดตั้งเป็นการภายใน ๒๗ หน่วยงาน